中心為新型合作醫療定點醫療機構，參合群衆持卡就診，門診醫藥費用補償比例為30%，住院醫藥費用補償比例為75%。

2012年舟山市新型漁農村合作醫療市級統籌實施細則要點如下：

2010年12月，我市出台《關于完善新農合市級統籌工作的實施意見》和《2011年舟山市新型漁農村合作醫療制度市級統籌實施細則》，參合群衆受益和保障水平明顯提升。2012年我市新農合人均籌資标準和醫藥費用補償标準大幅提高，廣大漁農民的醫療保障水平明顯增加。調整後的主要内容：一是人均籌資标準提高到460元（不含漁農民健康體檢資金15元），其中各級政府人均補助325元，漁農民個人繳費135元。與2011年相比，人均籌資标準提高了52元，其中各級政府人均補助增加了47元，個人繳費增加了15元。二是縣（區）級醫療機構住院醫藥費用補償比例達到70%，比2011年提高10個百分點；實施基本藥物制度的鄉鎮級醫療機構門診使用基本藥物和中醫藥費用補償比例達到35%，比2011年提高5個百分點；全年補償最高支付限額達到10萬元，比2011年增加1.5萬元，達到了全市漁農民年人均純收入6倍以上。三是增加并完善了門診指定項目病種，門診指定項目病種擴大到18種。四是擴大了定點醫療機構範圍，完善了定點就醫管理，市内就醫全部實現實時結報。市内定點醫療機構擴大到224家，覆蓋了全市所有社區衛生範圍機構。市外定居參合人員可申請新的市外定點醫療機構。五是控制醫藥費用零增長，落實定點控費協議，開展付費制度改革，推行單病種付費。同時為配合全市全面實施基本藥物制度，舟山市2012年新農合政策于2012年1月1日實施。全市已于2009年初正式啟用新農合市級交換平台，從市到村四級聯網，實現市内就醫實時結報，還開展了跨縣(區)異地參合、異地就醫、異地結報、委托辦理等服務，徹底改變了原來隻能回戶籍所在地參合、報銷的問題。